La historia de Samus continúa tras los acontecimientos del juego Metroid™ Fusion, cuando desciende al planeta ZDR para investigar una misteriosa transmisión enviada a la Federación Galáctica. El remoto planeta...ha sido invadido por feroces formas de vida alienígenas y escalofriantes amenazas mecánicas. Samus es más ágil y capaz que nunca, pero ¿podrá superar la amenaza inhumana que acecha las profundidades de ZDR?